La película empieza en el pasado,
donde Yukinari se encuentra con Celebi
en una persecución de un hombre y
dos de sus Pokémon hacia el.

Yukinari Logra salvar al Celebi.
Pero luego este desaparece, y
Yukinari se encuentra solo...

Ash, Bruck y Misty toman un barco,
y se encuentran con muchos amigos
nuevos, durante la travesía, Ash divisa
al legendario Suicune, pero
lamentablemente Oak no le cree
cuando el protagonista le informa.
Llegan hasta un bosque donde Ash
conoce a una chica y a su madre,
que le informan que no debe entrar
en una cueva en la que hacia 40 años
habia ocurrido un fenómeno extraño.
En el camino Ash y cia. encuentran a
Celebi, junto a Yukinari. Celebi
desaparece al instante, pero luego
lo veremos como se "encariña" con Ash.

Pero no todas son buenas, el malo
de este film (llamado Bisashu) logra
atrapar a Celebi en una Dark
Ball, y se lo lleva.

Durante un enfrentamiento
más tarde con Bisashu, contra
Ash (apoyado por Suicune)
logran derribar al Celebi,
que muere.