La premisa de la película reside alrededor de la ciudad de isla de-agua-themed de Altomare. La leyenda lo tiene que la ciudad (que es diseñado después de Venecia, Italia) es guardada(protegida) por Pokémon legendario Latios y Latias. Unimos a Annie y Oakley, un par de las mujeres que trabajan para el Cohete de Equipo (en la historia original ellos trabajan solos). Annie y Oakley son después del Rocío de Alma, un artefacto misterioso antiguo que activa el Mecanismo de la defensa de Altomare, que, como se dice, tiene el poder de destruir la ciudad. También, las dos damas deben capturar Latios y Latias para su jefe, Giovanni.

Ceniza, Húmedo y Brock están en Altomare con Pikachu, Togepi y todo su otro Pokémon. La ceniza y Húmedo participa en " el Viaje de Altomare " con Totodile y Corsola. Durante el curso de la raza(carrera) (que moja un Cohete de Equipo confiado a lo largo del camino), la posibilidad de la Ceniza para un triunfo limpio es tachado por Latias invisible y Latios. Húmedo es victorioso en la raza(carrera) de carro de agua, impresionando al ganador invicto Ross que posee un Wailmer. Ross da un viaje a la cuadrilla alrededor de Altomare en su barco. Avisos húmedos los símbolos sobre su medalla son similares a un par de Pokémon que está de pie sobre pilares. Ross explica que ellos son Latios y Latias, los Guardas de Altomare.

Mientras tanto, Annie y Oakley usan una cámara de espía robótica para explorar la ciudad para Latias y Latios. Oakley explica que dos legendaries pueden hacerse invisibles y hasta shapeshift en la gente. Sin embargo, Oakley detecta un como Pokémon tienen temperaturas de cuerpo inferiores que la gente. El Cohete de Equipo está en Altomare también y después del manchar los dos espías, ellos deciden ver lo que ellos aumentan(se levantan) también.

La ceniza y la compañía van para el helado, pero Pikachu se dirige a un chorro de agua en cambio. Incapaz de alcanzar la palanca sobre la fuente, él falla en conseguir una bebida, hasta que una muchacha misteriosa aparezca y le ayude. La ceniza aparece y la muchacha de una manera extraña lo inspecciona antes de escapar. Annie y Oakley acechan a la muchacha a quién ellos saben(conocen) es realmente Latias disfrazado. Ellos la atacan con un Espeon y un Ariados. La ceniza y Pikachu vienen al rescate de la muchacha y ellos escapan por la ciudad con Annie y Pokémon de Oakley no lejos detrás, pero ellos pronto son perdidos. La muchacha pronto toma la Ceniza a la mano y le conduce atrás a Brock y Húmedo antes de la desaparición.

Más tarde, la Ceniza y los demás van al museo donde ellos encuentran un par de fósiles encajados en el piso del museo. El conservador del museo, Lorenzo (quien lleva la ropa similar a Mario), explica que hace mucho los fósiles del Aerodactyl y Kabutops fueron poseídos por un malo entrenador que atacó a la gente. Latios vino a la ciudad y trajo el agua a la ciudad, ahogando el dos mal Pokémon y convertiéndose en las calles en canales. Lorenzo también muestra el DMA a los héroes (el Mecanismo de la defensa de Altomare). Él explica que la gente lo construyó para proteger su ciudad del peligro, pero por suerte ellos tuvieron que usarlo y esto es ahora solamente(justo) un monumento sagrado. La ceniza entonces nota a una muchacha en el museo que enormemente se parece a la muchacha él ahorró de Annie y Oakley, sólo ahora ella lleva un sombrero blanco y lleva un equipo de arte.

La ceniza sigue después de la muchacha con Pikachu el rastreo después de él. La muchacha actúa como si ella hasta no sabe(conoce) la Ceniza y desaparece en los callejones traseros de la ciudad. La ceniza y Pikachu entran corriendo en la muchacha, pero ella es ahora silenciosa y conduce a los dos sobre un intento totalmente inútil alrededor de la ciudad hasta que ella literalmente traspase una pared y se volatilice. Pikachu sigue y la Ceniza hace de la misma manera. La ceniza y Pikachu descubren un jardín secreto que se parece a un paraíso Pokémon. Los dos espían la muchacha a una oscilación y van a acercarse a ella. Pero los carillones de viento comienzan a hacer girar para todo su valor y de un fondo del agua viene Latios invisible y los ataca. Cuando el Latios viene para golpear, la muchacha interviene el camino de su camino y marcos exteriores de la ventana de Latios él mismo. La ceniza es en total el choque, y mira como Latios rugidos en la muchacha, como si pidiéndola moverse aparte. De repente(pronto), la misma muchacha que la Ceniza ha estado persiguiendo aparece, y ahora la Ceniza mira fijamente en gemelos. La muchacha, que es llamada Bianca, exige de saber(conocer) por qué la Ceniza está allí, y envía Latios para atacarlo. Lorenzo misteriosamente aparece y revela que Bianca es su nieta y él pregunta a la muchacha silenciosa si le gustara jugar con la Ceniza.

La muchacha arrastra la Ceniza a la oscilación y comienza a balancearse con él. Cuando la Ceniza pregunta por qué le llaman Latias, la muchacha de repente(pronto) transforma en Latias ella misma. La ceniza es tan sobresaltada él cae(disminuye) la oscilación. Latios enciende con Pikachu y el dos juego de dragones con Pikachu. Latias roba el sombrero de la Ceniza y juega con la Ceniza. Los ojos de Latios de repente(pronto) brillan blanco, como haga a Latias. Latios se zambulle(zambulle) en el agua y nada por los canales de Altomare. Latias proyecta que Latios se ocupa de la Ceniza y los demás usando poderes psíquicos. Lorenzo llama este poder "Compartiendo vista".

Más tarde, Lorenzo explica a Latias y Latios ha sido bajo su cuidado después de que ellos eran bebés, como su padre muerto salvando(ahorrando) la ciudad antes. Que pasó a su madre es desconocido. Lorenzo entonces muestra a la Ceniza el Rocío de Alma, que contiene el espíritu de Latios. Lamentablemente para Latias, Ceniza tiene que regresar a sus amigos y él, Lorenzo y el permiso de Bianca. La huida en las sombras es Annie y la cámara de espía de Oakley.

Lorenzo toma la Ceniza por su taller donde él hace góndolas. Bianca toma la Ceniza al Centro de Pokémon, él preguntando por qué ella fue atacada por Annie y Oakley. Ella no tiene ni idea sobre qué él está aproximadamente.

Lorenzo es golpeado inconsciente por Espeon y Annie y Oakley invade el jardín secreto, captura Latios y roba el Rocío de Alma. Latias logra escaparse aunque. Lorenzo y Bianca descubren la desaparición del Rocío de Alma y se dirigen al museo, donde ellos encuentran a Annie y Oakley que arranca el mecanismo de la defensa. Espeon pone los dos para dormir la utilización de un ataque Psíquico.

Mientras tanto, Latias lo hace al Centro de Pokémon y despierta Pikachu. Latias la morfina en Bianca y Ceniza rápidamente está asustado cuando él la ve. La ceniza explica a Húmedo y Brock ella es Latias y ella transforma en su forma verdadera, freaking hacia fuera Brock y Húmedo. Latios está en el problema y usando la Vista que Comparte para mostrar lo que él se ocupa de la Ceniza y los demás. Oakley toma el mando del DMA que resucita Aerodactyl y Kabutops como zombis y luego inicia lockdown por toda la ciudad. Latios se hace más débil y más débil como la máquina se hace más poderosa.

La ceniza, Pikachu y Latias viaja al museo, pero es atacada por el Aerodactyl. Latias salva(ahorra) la Ceniza del ahogamiento y ellos usan un carro de agua para ponerse al museo. Mientras tanto, Brock y Húmedo envía Crobat, Corsola y Politoed para ayudar a la Ceniza, mientras Brock se hace enfadado y comienza a escalar la cerca que ha rodeado el Centro de Pokémon. La ceniza, Latias y Pikachu es atacada por Kabutops, pero Crobat, Corsola y Politoed los salvan(ahorran).

Oakley consigue un gusto al poder y consigue una idea de tentativa de conquistar el mundo, que preocupa a Annie. Oakley manipula el agua de la ciudad en un canalón gigantesco de agua que captura la Ceniza, Pikachu y Latias y se pone a a tratar de ahogarlos. Latias logra penetrar el canalón de agua y libre(gratis) ella misma, la Ceniza y Pikachu. Su poder hace que el mecanismo de la defensa vaya haywire, atrapando a Oakley dentro de.

La ceniza, Pikachu y Latias entra en el museo y libera a Lorenzo y Bianca. Latias trata de liberar a su hermano, pero suspensos también. La ceniza entonces sigue su raya imprudente por entrando corriendo en el forcefield que hace daño Latios. Pikachu y Latias hace de la misma manera. Latias destruye el forcefield, permitiendo a la Ceniza y los demás tirar Latios herido de la máquina. Las paradas de mecanismo. Annie parece contenta que el caos ha terminado y va a ayudar a Oakley. Húmedo y Brock aparecen. Annie nota que el Rocío de Alma ha girado negro. ¡Lorenzo la advierte de no tocar el Rocío de Alma - Muy tarde! El DMA va el chiflado, y el Rocío de Alma explotan, causando toda el agua en la ciudad agotar.

La ceniza, Brock, Húmedo, Lorenzo, Bianca, Pikachu, Latias y la cabeza de Latios fuera y el reloj en el horror como un tsunami se dirige a la ciudad. Latios y Latias se dirigen hacia fuera para defender Altomare. Latios usa todo su poder y él y Latias crean una ráfaga poderosa y la mosca en el tsunami y lo destruye, permitiendo a toda el agua volver en la ciudad. Latias despierta en un vacío blanco, con Latios espiritual que se flota encima de en el cielo y desaparece, abandonando(dejando) Latias solo. Las vueltas de agua a los canales, el Cohete de Equipo que consigue cogido en la prisa y son echadas lejos. El lockdown se desvanece, y Aerodactyl y Kabutops se descolora también, volviendo al museo como los fósiles. Annie y Oakley son ambos atrapados dentro del DMA.

Como las subidas de sol, la Ceniza y los demás buscan el mar para Latios y Latias. Pikachu mancha(descubre) Latias que pone a flote sobre un Mantine que le trae a los héroes. Latias despierta vivo. Latias realiza(comprende) que Latios es ido y mira encima de en un pilar de luz que representa Latios. Lorenzo realiza(comprende) que Latios ha pasado y cada uno da pena su muerte. Latias de repente(pronto) activa la Vista que Comparte y el reloj de héroes del punto de vista de Latios como él se flota de la Tierra encima de en el espacio. El espíritu de Latios entonces se forma en el nuevo Rocío de Alma.

La vuelta de grupo a realidad y lugar el nuevo Rocío de Alma en el jardín secreto. Más tarde ese día, la Ceniza, Húmeda, Brock y Pikachu se dispone a abandonar y decir adiós a a Lorenzo, agradeciéndole para todo. Lorenzo se llama a Bianca pero ella no contesta. La ceniza y los demás dejan, pero ven que se parece a Bianca que agita en ellos de un puente. Las paradas de barco en el muelle y Bianca se acercan a la Ceniza. Ella le ofrece una hoja de papel scrolled y luego le da un beso sobre la mejilla, abandonando(dejando) Húmedo y Brock en el choque. Bianca silenciosa entonces se marcha. Húmedo pregunta si realmente era Bianca o Latias, mientras Brock es dejado(abandonado) sumamente celoso. La ceniza desenreda la voluta y ve esto es un bosquejo de él y Pikachu. Los héroes se marchan Altomare, pero la Ceniza y Pikachu nota Latias el vuelo con su hermano reanimado y padre.

Los créditos muestran y grupo de constructores que trabajan sobre el DMA, fijación a Lorenzo ello o la fabricación de ello más difícil de usar; un bosquejo de Annie y Oakley siendo liberado del DMA y más tarde en cárcel que examina las fotos de artículos que pertenecen al colector, Lorenzo III de la segunda película; Bianca en el muelle que pinta otro cuadro(imagen) y sentimiento de la brisa vuela por su pelo y las escenas tradicionales de Ceniza, Húmeda y Brock que vaga por la tierra sobre su viaje.